Сезон 2006—2007 Боян провёл в «Барселоне B» и хорошо проявил себя, забив 10 голов в 18 матчах. 24 апреля 2007 года он сыграл свой первый матч за главную команду «Барселоны» в товарищеской встрече с египетским клубом «Аль-Ахли». Матч закончился победой «Барселоны» со счётом 4:0, а один из голов забил Кркич. Тренеры каталонского клуба, Франк Райкаард и Чики, остались довольны молодым футболистом.На сезон 2007—2008 он был заявлен уже в первой команде под 35 номером. В августе 2007 года, когда ему исполнится 17 лет, с «Барселона» подпишет с Бояном профессиональный контракт